Персона: Коротков, Евгений Вадимович
Загружается...
Email Address
Birth Date
Научные группы
Организационные подразделения
Организационная единица
Институт лазерных и плазменных технологий
Стратегическая цель Института ЛаПлаз – стать ведущей научной школой и ядром развития инноваций по лазерным, плазменным, радиационным и ускорительным технологиям, с уникальными образовательными программами, востребованными на российском и мировом рынке образовательных услуг.
Статус
Фамилия
Коротков
Имя
Евгений Вадимович
Имя
14 results
Результаты поиска
Теперь показываю 1 - 10 из 14
- ПубликацияОткрытый доступОБНАРУЖЕНИЕ ДИСПЕРСНЫХ ПОВТОРОВ В РАСТИТЕЛЬНЫХ ГЕНОМАХ С ПОМОЩЬЮ IP МЕТОДА(НИЯУ МИФИ, 2025) РУДЕНКО, В. М.; КОРОТКОВ, Е. В.; Коротков, Евгений ВадимовичМетод IP было применен нами для поиска дисперсных повторов (ДП) в геноме риса. Было сгенерировано 79 семейств повторов; общее число ДП в них составило 992,739. Проводилось исследование местоположения ДП в геноме, и было показано, что они в основном локализованы в некодирующих областях. Полученные данные сравнивались с ДП риса, детектированными ранее программным конвейером EDTA. Отмечается, что IP метод обнаруживает гораздо большее число сильноразмытых ДП средней длины, чем существующие математические подходы.
- ПубликацияТолько метаданныеSearch for Tandem Repeats in the First Chromosome from the Rice Genome(2020) Kamionskaya, A. M.; Korotkov, E. V.; Korotkova, M. A.; Коротков, Евгений Вадимович; Короткова, Мария Александровна© 2020, Springer Nature Switzerland AG.Using the RPWM method, we searched for tandem repeats of 2 to 50 nucleotides long in the rice genome. We compared the effectiveness of the RPWM method with Mreps, T-reks, Tandem Repeat Finder and ATR Hunter. About 70% of the tandem repeats found could not be found by other algorithms. The correlation of dispersed repeats and transposons with tandem repeats was studied in this work. We assumed that some of the dispersed repeats and transposons originated from tandem repeats
- ПубликацияТолько метаданныеA Database of Potential Reading Frame Shifts in Coding Sequences from Different Eukaryotic Genomes(2019) Suvorova, Y. M.; Pugacheva, V. M.; Korotkov, E. V.; Коротков, Евгений Вадимович© 2019, Pleiades Publishing, Inc.Abstract—A new data bank containing potential reading frame shifts was developed. A new mathematical method based on the use of the genetic algorithm and dynamic programming was used to search for potential reading frame shifts. The data bank includes coordinates of potential reading frame shifts for coding sequences of 76 eukaryotic genomes from the Ensembl genome browser version 86. The database is located at: http://victoria.biengi.ac.ru/cgi-bin/frameshift/index.cgi. Among all the analyzed genomes approximately 23% of the coding sequences have a reading frame shift. Type I and type II errors are at levels of approximately 11 and 30%. A Web server to search for potential reading frame shifts, which is located at: http://victoria.biengi.ac.ru/fsfinder, was developed simultaneously with the data bank. The server can be used to search for potential reading frame shifts in newly defined coding sequences.
- ПубликацияТолько метаданныеSearch for highly divergent SINE repeats in the rice genome(2020) Suvorova, Y. M.; Kamionskaya, A. M.; Korotkov, E. V.; Коротков, Евгений Вадимович© 2020.In this article, we present a new method for searching for highly divergent copies of SINE elements in a genome. The method is based on the correlation of neighboring symbols both in constructing a positional weight matrix for a sequence of interest and in the genome scanning procedure. This makes possible to increase the alphabet size and, accordingly, the resolution capacity of the method. Using it, we found new copies of SINE repeats in the rice genome that have not been annotated before. The method was tested and compared with the RepeatMasker program; false positives were evaluated.
- ПубликацияТолько метаданныеNew Method for Potential Fusions Detection in Protein-Coding Sequences(2019) Suvorova, Yulia M.; Korotkov, Eugene V.; Коротков, Евгений ВадимовичGene fusion is known to be one of the mechanisms of a new gene formation. Most bioinformatics methods for studying fused genes are based on the sequence similarity search. However, if the ancestral sequences were lost during evolution or changed too much, it is impossible to detect the fusion. Previously, we have developed a method of searching for triplet periodicity (TP) change points in protein-coding sequences (CDS) and showed the possible relation of this phenomenon with gene formation as a result of fusion. In this study, we improved the TP change point detection method and studied the genes of six eukaryotic genomes. At the level of 2%-3% of the probability of type I error, TP change points were found in 20%-40% of genes. Further analysis showed that about 30% of the TP change points can be explained by amino acid repeats. Another 30% can be potentially fused genes, alignment for which was detected by the BLAST program. We believe that the rest of the results can be fused genes, the ancestral sequences for which have been lost. The method is more sensitive to TP changes and allowed us to find up to two to three times more cases of significant TP change points than our previous method.
- ПубликацияОткрытый доступДИСПЕРСНЫЕ ПОВТОРЫ В ГЕНОМАХ РАЗЛИЧНЫХ БАКТЕРИЙ(НИЯУ МИФИ, 2025) КОРОТКОВ, Е. В.; КОРОТКОВА, М. А.; Короткова, Мария Александровна; Коротков, Евгений ВадимовичМы выполнили поиск дисперсных повторов IP методом в геномах бактерий из 39 phyla. В каждом геноме было выявлено семейство повторов с числом копий от 103 до 1,4x104 в зависимости от генома бактерии. Длины повторов лежат в диапазоне от 450 до 580 оснований. Более 90% найденных повторов наложены как мотив на кодирующие последовательности и повторы занимают от 30 до 50% бактериального генома. Повторы содержат консервативные островки которые чередуются слабо подобными районами. Мы предполагаем, что обнаруженные семейства повторов могут принимать участие в образовании бактериального нуклеоида.
- ПубликацияТолько метаданныеMultiple alignment of promoter sequences from the human genome(2020) Kamionskaya, A. M.; Korotkov, E. V.; Korotkova, M. A.; Коротков, Евгений Вадимович; Короткова, Мария Александровна© 2020.A new algorithm for multiple alignment of nucleotide sequences of MAHDS has been developed. A statistically significant multiple alignment of promoter sequences from the human genome was first created using this algorithm. Based on the constructed alignments, 25 classes of promoter sequences were created with the volume of each class exceeding 100 sequences. The classes of promoters can be used to search for promoter sequences in eukaryotic genomes.
- ПубликацияОткрытый доступПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА MAHDSДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ МНОЖЕСТВЕННЫХ ВЫРАВНИВАНИЙСЛАБО ГОМОЛОГИЧНЫХ БЕЛКОВЫХ СЕМЕЙСТВ(НИЯУ МИФИ, 2024) КОСТЕНКО, Д. О.; КОРОТКОВ, Е. В.; Коротков, Евгений ВадимовичРассмотрены основныепроблемы, связанные с построением множественных выравниваний символьных последовательностей (MSA). Представлена концепция разработанного нами метода построенияMSA - MAHDS. Проведено комплексное сравнение MAHDSс другими методами в контексте выравнивания аминокислотных последовательностей. Показана способность MAHDSстроить уникальные статистически значимые MSA слабо гомологичныхбелковых семейств.
- ПубликацияОткрытый доступДИСПЕРСНЫЕ ПОВТОРЫ В ГЕНОМАХ БАКТЕРИЙ(НИЯУ МИФИ, 2024) КОРОТКОВ, Е. В.; Коротков, Евгений ВадимовичРазработан математический метод который позволяет находить в геномах бактерий сильно дивергировавшие дисперсные повторы. Были обнаружены дисперсные повторы в бактериях из всех известных семейств, всего было изучено 42 бактериальных генома. Длины повторов составляют около 500 оснований ДНК и они суммарно занимают от 30 до 60 процентов генома бактерии. Повторы наложены на гены бактерий в виде мотива.
- ПубликацияОткрытый доступDeveloping mathematical method for multi alignment of DNA sequences with weak similarity(2019) Korotkov, E. V.; Korotkova, M. A.; Коротков, Евгений Вадимович; Короткова, Мария Александровна© 2019 Published under licence by IOP Publishing Ltd.A new mathematical method is proposed for constructing multiple alignment of weakly similar amino acid or nucleotide sequences. The method uses a multiple alignment representation in the form of position-weight matrices (PWM) and global dynamic programming. An optimization procedure for PWM is developed with the aim of finding a multiple alignment with maximum statistical significance. The method allows to find multiple alignment of sequences with the number of nucleotide or amino acid substitutions more than 2.5. The developed approach is applied to obtain multiple alignment of promoter sequences of 600 DNA bases length.