Publication:
Developing mathematical method for multi alignment of DNA sequences with weak similarity

Файлы
W2943996345.pdf(739.15 KB)
Дата
2019
Авторы
Korotkov, E. V.
Korotkova, M. A.
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Издатель
Научные группы
Организационные подразделения
OrgUnit Logo
Организационная единица
Институт лазерных и плазменных технологий
Стратегическая цель Института ЛаПлаз – стать ведущей научной школой и ядром развития инноваций по лазерным, плазменным, радиационным и ускорительным технологиям, с уникальными образовательными программами, востребованными на российском и мировом рынке образовательных услуг.
OrgUnit Logo
Организационная единица
Институт интеллектуальных кибернетических систем
Цель ИИКС и стратегия развития - это подготовка кадров, способных противостоять современным угрозам и вызовам, обладающих знаниями и компетенциями в области кибернетики, информационной и финансовой безопасности для решения задач разработки базового программного обеспечения, повышения защищенности критически важных информационных систем и противодействия отмыванию денег, полученных преступным путем, и финансированию терроризма.
Выпуск журнала
Аннотация
© 2019 Published under licence by IOP Publishing Ltd.A new mathematical method is proposed for constructing multiple alignment of weakly similar amino acid or nucleotide sequences. The method uses a multiple alignment representation in the form of position-weight matrices (PWM) and global dynamic programming. An optimization procedure for PWM is developed with the aim of finding a multiple alignment with maximum statistical significance. The method allows to find multiple alignment of sequences with the number of nucleotide or amino acid substitutions more than 2.5. The developed approach is applied to obtain multiple alignment of promoter sequences of 600 DNA bases length.
Описание
Ключевые слова
Цитирование
Korotkov, E. V. Developing mathematical method for multi alignment of DNA sequences with weak similarity / Korotkov, E.V., Korotkova, M.A. // Journal of Physics: Conference Series. - 2019. - 1205. - № 1. - 10.1088/1742-6596/1205/1/012025
URI
https://www.doi.org/10.1088/1742-6596/1205/1/012025
 https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85066314194&origin=resultslist
 http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=Alerting&SrcApp=Alerting&DestApp=WOS_CPL&DestLinkType=FullRecord&UT=WOS:000481606200025
 https://openrepository.mephi.ru/handle/123456789/18168
Коллекции
Публикации