Publication:
Chromosome folding promotes intrachromosomal aberrations under radiation- and nuclease-induced DNA breakage

Дата
2021
Авторы
Eidelman, Y.
Salnikov, I.
Slanina, S.
Andreev, S.
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Издатель
Научные группы
Организационные подразделения
OrgUnit Logo
Организационная единица
Инженерно-физический институт биомедицины
Цель ИФИБ и стратегия развития – это подготовка высококвалифицированных кадров на базе передовых исследований и разработок новых перспективных методов и материалов в области инженерно-физической биомедицины. Занятие лидерских позиций в биомедицинских технологиях XXI века и внедрение их в образовательный процесс, что отвечает решению практикоориентированной задачи мирового уровня – диагностике и терапии на клеточном уровне социально-значимых заболеваний человека.
Выпуск журнала
Аннотация
© 2021 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.The long-standing question in radiation and cancer biology is how principles of chromosome organization impact the formation of chromosomal aberrations (CAs). To address this issue, we developed a physical modeling approach and analyzed high-throughput genomic data from chromosome conformation capture (Hi-C) and translocation sequencing (HTGTS) methods. Combining modeling of chromosome structure and of chromosomal aberrations induced by ionizing radiation (IR) and nuclease we made predictions which quantitatively correlated with key experimental findings in mouse chromosomes: chromosome contact maps, high frequency of cis-translocation breakpoints far outside of the site of nuclease-induced DNA double-strand breaks (DSBs), the distinct shape of breakpoint distribution in chromosomes with different 3D organizations. These correlations support the heteropolymer globule principle of chromosome organization in G1-arrested pro-B mouse cells. The joint analysis of Hi-C, HTGTS and physical modeling data offers mechanistic insight into how chromosome structure heterogeneity, globular folding and lesion dynamics drive IR-recurrent CAs. The results provide the biophysical and computational basis for the analysis of chromosome aberration landscape under IR and nuclease-induced DSBs.
Описание
Ключевые слова
Цитирование
Chromosome folding promotes intrachromosomal aberrations under radiation- and nuclease-induced DNA breakage / Eidelman, Y. [et al.] // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - 22. - № 22. - 10.3390/ijms222212186
URI
https://www.doi.org/10.3390/ijms222212186
 https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85118724514&origin=resultslist
 http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=Alerting&SrcApp=Alerting&DestApp=WOS_CPL&DestLinkType=FullRecord&UT=WOS:000726230900001
 https://openrepository.mephi.ru/handle/123456789/24944
Коллекции
Публикации