Publication: РАЗРАБОТКА КОМПЬЮТЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДЛЯ ПОИСКА ПАРНЫХ ПОДОБИЙ АМИНОКИСЛОТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ МЕТОДАМИ ДИНАМИЧЕСКОГО ПРОГРАММИРОВАНИЯ С УЧЕТОМ КОРРЕЛЯЦИИ АМИНОКИСЛОТ
Дата
2016
Авторы
Вольнов, А. В.
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Издатель
Аннотация
Большинство существующих методов построения локального выравнивания символьных последовательностей основаны на алгоритме Смита-Уотермана. Так как этот алгоритм для оценки выравнивания рассматривает выравнивание отдельных символов, он не учитывает возможные корреляции соседних символов внутри последовательности. Целью данной работы является построение алгоритма, который учитывал бы эти корреляции. В данной работе разработана система оценивания выравниваний, которая учитывает корреляции соседних аминокислот внутри последовательности. Это достигается благодаря тому, что она рассматривает выравнивание пар символов, стоящих напротив друг друга. Представлен метод динамического программирования построения локального выравнивания, основанный на алгоритме Смита-Уотермана, который находит оптимальное выравнивание, вес которого максимален по новой системе оценивания выравниваний. Далее этот алгоритм был использован для поиска подобий в базе данных Swiss-Prot, и результаты этого поиска сравнивались с результатами, полученными аналогичным поиском с помощью широко используемой программы Blast. Как и ожидалось, полученные результаты были похожи на результаты Blast, а отличия заключались в том, что было найдено больше выравниваний, которые оказались более значимыми по новой системе, и меньше менее значимых выравниваний.
Описание
Уровень образования: бакалавриат; Код направления/специальности: 01.03.02; Группа: Т08-31
Ключевые слова
ВКР , Выпускная квалификационная работа
Цитирование
Вольнов, А. В. РАЗРАБОТКА КОМПЬЮТЕРНОЙ СИСТЕМЫ ДЛЯ ПОИСКА ПАРНЫХ ПОДОБИЙ АМИНОКИСЛОТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ МЕТОДАМИ ДИНАМИЧЕСКОГО ПРОГРАММИРОВАНИЯ С УЧЕТОМ КОРРЕЛЯЦИИ АМИНОКИСЛОТ : Выпускная квалификационная работа, бакалавриат, 01.03.02 / А. В. Вольнов ; рук. работы Коротков Евгений Вадимович, 2016