Publication:
Search for potential reading frameshifts in cds from Arabidopsis thaliana and other genomes

Файлы
W2912642161.pdf(466.68 KB)
Дата
2019
Авторы
Suvorova, Y. M.
Skryabin, K. G.
Korotkova, M. A.
Korotkov, E. V.
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Издатель
Научные группы
Организационные подразделения
OrgUnit Logo
Организационная единица
Институт интеллектуальных кибернетических систем
Цель ИИКС и стратегия развития - это подготовка кадров, способных противостоять современным угрозам и вызовам, обладающих знаниями и компетенциями в области кибернетики, информационной и финансовой безопасности для решения задач разработки базового программного обеспечения, повышения защищенности критически важных информационных систем и противодействия отмыванию денег, полученных преступным путем, и финансированию терроризма.
OrgUnit Logo
Организационная единица
Институт лазерных и плазменных технологий
Стратегическая цель Института ЛаПлаз – стать ведущей научной школой и ядром развития инноваций по лазерным, плазменным, радиационным и ускорительным технологиям, с уникальными образовательными программами, востребованными на российском и мировом рынке образовательных услуг.
Выпуск журнала
Аннотация
© The Author(s) 2019. Published by Oxford University Press on behalf of Kazusa DNA Research Institute.A new mathematical method for potential reading frameshift detection in protein-coding sequences (cds) was developed. The algorithm is adjusted to the triplet periodicity of each analysed sequence using dynamic programming and a genetic algorithm. This does not require any preliminary training. Using the developed method, cds from the Arabidopsis thaliana genome were analysed. In total, the algorithm found 9,930 sequences containing one or more potential reading frameshift(s). This is ∼21% of all analysed sequences of the genome. The Type I and Type II error rates were estimated as 11% and 30%, respectively. Similar results were obtained for the genomes of Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Homo sapiens, Rattus norvegicus and Xenopus tropicalis. Also, the developed algorithm was tested on 17 bacterial genomes. We compared our results with the previously obtained data on the search for potential reading frameshifts in these genomes. This study discussed the possibility that the reading frameshift seems like a relatively frequently encountered mutation; and this mutation could participate in the creation of new genes and proteins.
Описание
Ключевые слова
Цитирование
Search for potential reading frameshifts in cds from Arabidopsis thaliana and other genomes / Suvorova, Y.M. [et al.] // DNA Research. - 2019. - 26. - № 2. - P. 157-170. - 10.1093/dnares/dsy046
URI
https://www.doi.org/10.1093/dnares/dsy046
 https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85068537736&origin=resultslist
 http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcAuth=Alerting&SrcApp=Alerting&DestApp=WOS_CPL&DestLinkType=FullRecord&UT=WOS:000493006800005
 https://openrepository.mephi.ru/handle/123456789/18363
Коллекции
Публикации